Minoritský klášter byl založen roku 1350 z iniciativy krumlovského vladaře Petra I. z Rožmberka a jeho manželky Kateřiny jako sdružený klášter minoritů a klarisek se společným kostelem. Součástí areálu byl od konce 14. století také dům pro laické společenství zbožných žen, tzv. bekyň. Působení klarisek ukončily reformy císaře Josefa II. v roce 1785 a minorité zůstali v klášteře až do roku 1950. Poté byl klášterní areál využíván ke světským účelům. V roce 1995 jej získal řád Křížovníků s červenou hvězdou.
Interiér kostela je jedinečnou galerií barokního církevního umění. Hlavní oltář dal v letech 1679 - 1682 zbudovat kníže Jan Kristián z Eggenberku s manželkou Eleonorou. Jejich sdružený erb je umístěn ve střední části oltáře.
Vynikajícím řezbářským dílem je barokní kazatelna z roku 1746. Její řečniště zdobí zlacený reliéf, znázorňující výjevy ze života sv. Františka, a nad baldachýnem je do obláčků a paprsčité záře vkomponováno sousoší Zvěstování Panně Marii. Na baldachýnu je umístěn alianční erb donátorů - knížete Josefa Adama ze Schwarzenberku a jeho ženy Marie Terezie z Lichtensteinu. Pozoruhodný je také raně barokní oltář Panny Marie z 2. poloviny 17. století u jižní stěny kostela s reliéfem Korunování Panny Marie a sochami sv. Benedikta, Bernarda a Jana Evangelisty. Na protější severní stěně se nacházejí další tři barokní oltáře s bohatou řezbářskou a sochařskou výzdobou.
K jižní straně kostela přiléhají klášterní budovy. Jejich nejvýznamnější částí je křížová chodba z doby kolem roku 1500. Je zaklenutá síťovou klenbou a její severní křídlo tvoří unikátní dvojlodní prostor rozdělený tordovanými (zatáčenými) žulovými sloupy. Uprostřed západního křídla se vstupuje do kaple sv. Wolfganga, vysvěcené v roce 1491. Dochovaly se v ní zčásti původní pozdně gotické nástěnné malby a zčásti barokní nástěnné malby z roku 1781 od J.V. Tchőppera, znázorňující výjevy ze života sv. Wolfganga. Uvnitř kaple je osazen náhrobní kámen Anny Vojířové, členky rožmberského fraucimoru.