Muzeum, které sídlí v renesanční budově bývalého jezuitského semináře, vzniklo v Jindřichově Hradci již v roce 1882 a patří tedy k nejstarším regionálním muzeím v Čechách. Za dobu své existence vytvořilo bohatý sbírkový fond, z něhož jsou dnes návštěvníkům ve výstavních sálech představovány významné archeologické nálezy, velmi vzácná kolekce gotických plastik, doklady cechovní a řemeslné výroby, část sbírky obrazů a nábytku a nová expozice měšťanské a lidové kultury.
Poutavá je rovněž expozice terčových zbraní a městského ostrostřeleckého sboru s nevšední kolekcí ručně malovaných terčů, znalci ocení zajímavou expozici knižní kultury. Pozornosti návštěvníků jistě neunikne ani Síň Emy Destinnové, expozice věnovaná nejvýznamnější české operní pěvkyni, která po skončení své skvělé pěvecké kariéry v newyorské Metropolitní opeře žila ve svém zámku v nedaleké Stráži nad Nežárkou. Ojedinělou expozici tvoří dochovaný interiér bývalé lékárny U Panny Marie Pomocné z konce 18. století.
Nejznámějším exponátem jindřichohradeckého muzea jsou však bezesporu proslulé Krýzovy jesličky, největší mechanický lidový betlém na světě, zapsaný v Guinnessově knize rekordů.