Prachatické muzeum se od roku 1946 nachází v domě Ždárských na Velkém náměstí, který je taktéž znám i pod názvem Sitrův dům. Jedná se o renesanční měšťanský dům s gotickým jádrem, dům je, díky své bohaté malířské výzdobě, jeden z nejkrásnějších domů v Prachaticích. Ovšem samotné počátky Prachatického muzea se datuji již z počátku 20. století, kdy v roce 1904 z inciativy muzejního spolku vzniklo muzeum, které bylo umístěné v přízením budovy městské radnice. Stálé expozice muzea pod názvem "Pohled do historie města".
Prachatické muzeum svým návštěvníkům nabízí dvě části expozice.
První expozice návštěvníky seznamuje s historií Prachatic do poloviny 19. století, kde je umístěna řada artefaktů prachatické provenience. Například oobraz Literátského bratrstva, bočnice renesančních lavic z kostela sv. Jakuba či terče prachatických ostrostřelců, nechybí zde ani figurální výjev Vyplácení žoldu Pasovským Petrem Vokem. Zaujmou dokáží i předměty zapůjčené z Vyšehradské kapituly, která byla prvním majitelem Prachatic.
Následně druhá expozice pak připomíná významné historické události do konce 20. století, které jsou založené na dvanácti panelech pojednány základní kapitoly z novodobé historie Prachatic, jeden figurální výjev připomíná zašlou slávu Lázní svaté Markéty, druhý je připomínkou existence českého gymnázia za první republiky. V proskleněných vitrínách jsou pak umístěné předměty každodenní potřeby, ale i výrobky prachatických závodů z 2. poloviny 20. století.
Životní pouť svatého Jana Nepomuka Neumanna
Expozice věnována nejslavnějšímu rodákovi z Prachatic, Janu Neupomuku Neumannovi (1811 - 1860), který se stal ve Filadelfii biskupem a byl svatořečen v roce 1977. Tato expozice návštěvníkům ukazuje přehled o životě a díle tohoto významného muže a návštěvníci uvidí zde i předměty, které mají přímou spojistost k jeho osobě.
Zlatá stezka - cesta bílého zlata
Expozice prezentující výsledky a nálezy výzkumu Zlaté stezky, který probíhal v letech 1990 - 2008 ve spolupráci Prahatického muzea a Johočeského Muzea v Českých Budějovicích.