V písemných pramenech jsou Židé v Kolodějích poprvé zmíněni v polovině 17. století. Roku 1721 tu bydlelo 35 židovských rodin, koncem 18. století tu žilo kolem osmdesáti židovských rodin a kolem poloviny 19. století asi 600 Židů; poté jejich počet prudce klesal. Roku 1880 bydlelo v Kolodějích 153 Židů, roku 1900 to bylo 35 Židů a roku 1930 již jen devět Židů. Narodil se zde režisér Národního divadla a Laterny magiky Alfréd Radok (1914–1976) a jeho bratr, tvůrce scény Laterna magika Emil Radok (1918–1994). Jejich vila v Kolodějích dodnes stojí.
Ghetto – první okrsek židovských domů vznikl snad již koncem 17. století. V 80. letech 18. století stálo ve vsi 38 židovských domů, kolem roku 1840 bylo ve vlastnictví Židů 72 domů (přibližně jedna třetina všech domů ve vsi). Většina židovských domů je dodnes v přestavbách dochována, včetně nemocnice čp. 164 a školy čp. 114.
Synagoga se začala budovat roku 1695, první bohoslužby se zde konaly počátkem října 1697, poslední zřejmě v druhé polovině 30. let 20. století. V letech 1947–1948 byla synagoga zbořena a stavební materiál byl použit na stavbu divadelního jeviště a kina. Židovský hřbitov se nachází ve svahu severně od obce při silnici do Bernartic. Založen byl údajně počátkem 18. století, v písemných pramenech je poprvé doložen roku 1723. Na hřbitově o rozloze 2 661 metrů čtverečních stojí téměř 500 náhrobků z let 1705–1941.
Zajímavost: Nejhonosnějším náhrobkem je malá tumba krajského rabína Jakoba Mahlera, zdobená hebrejským epitafem: „Jakub Mahler, krajský rabín Budějovického a Táborského kraje, zemřel 29. měsíce adaru 5627 (1867). On byl domova milovný, pobožný, jako byli naši předkové. Působil od roku 1817 do 1867 v obci Kaladý a v obvodu Táborském i Budějovickém. Byl znám co velký učenec a znalec Svatého písma, moudrostí vynikal nad všechny učence tohoto věku a byl ctěn jako syn této obce, kde působil. Amen. Odpočívej v lůně svatých v domě Božím.“