Kościół dziekański wspominany jest jako kościół parafialny już w 1280 r. Po założeniu klasztora augustianów w 1367 r. przebudowano go w stylu gotyckim. W tym czasie pozostawił tutaj swoje wyjątkowe i najważniejsze dzieło gotycki malarz specjalizujący się w malarstwie tablicowym w regionie Czech, Mistrz Ołtarza z Trzebonia. Dochowane malowidła ołtarza trzebońskiego są teraz częścią zbiorów Galerii Narodowej w Pradze. W gotyckim kościele dwunawowym zachowała się znana na całym świecie Madonna Trzebońska z okresu ok. 1400 r. Na przylegających do północnej ściany kościoła krużgankach podziwiać można niemal niezniszczone freski oraz wirydarz ze studnią.
Ciekawostka:
W 1773 r. wybuchł w Trzeboniu pożar, który zniszczył niemal całe miasto i uszkodził także kościół. Spadło sklepienie w prezbiterium, a pożar zniszczył wnętrze kościoła. Pomimo pożaru przetrwały freski oraz rzeźba Madonny Trzebońskiej. Nowymi wnętrzami zajęli się sprawdzeni wiedeńscy artyści P. Koeck (prezbiterium z ołtarzem głównym) oraz J. N. Rottmayer (wnętrza kościoła).