Die Dekanatskirche wurde bereits im Jahre 1280 als Pfarrkirche erwähnt. Nach der Gründung des Augustinerklosters im Jahre 1367 wurde die Kirche im gotischen Stil umgebaut. Zu dieser Zeit hinterließ hier sein einzigartiges Werk der off enbar bedeutendste Maler der gotischen Plattenmalerei in Böhmen, Meister des Altars von Třeboň (Wittingau). Erhaltene Platten des Altars von Třeboň (Wittingau) sind zurzeit Teil der Sammlungen der Nationalgalerie in Prag. In der gotischen Kirche mit zweischiffi ger Veranlagung blieb nur die weltberühmte Madonna von Třeboň (Wittingau) aus Zeiten um das Jahr 1400. Der Kreuzgang, der zur Nordseite der Kirche anliegt, blieb mit fast unbeschädigten Fresken erhalten und einem Klostergarten mit einem Brunnen.
Wissenswertes:
Im Jahre 1723 brach in Třeboň (Wittingau) ein Brand aus, der fast die ganze Stadt vernichtete, auch die Kirche wurde beschädigt. Das Gewölbe im Presbyterium stürzte ein und der Brand
vernichtete das Interieur der Kirche. Den Brand überlebten nur Fresken und die Statue der Madonna von Třeboň (Wittingau). Den Wiener Künsterln, P. Koecko und J.N. Rottmayer wurde nach dem Bran der Wiederaufb au der inneren Räume der Kirche anvertraut.