Bohaté archeologické, umělecké, řemeslné, etnografické a umělecko-průmyslové sbírky dokumentují historii města. Gotické plastiky, národopisné exponáty nebo interiér barokní jezuitské lékárny a rovněž unikátní keramický model města představující historické centrum města kolem roku 1800 v měřítku 1:200, jsou jen malou částí expozice muzea, které spravuje takřka 34 tisíc sbírkových předmětů.
Regionální muzeum v současnosti spravuje 22 tis. evidovaných položek sbírkového fondu, tj. takřka 34 tis. sbírkových předmětů. Muzejní knihovna obnáší na 5 tis. knihovních jednotek, z toho více než 1/5 sbírkového charakteru.
Stálá expozice:
Keramický model Českého Krumlova
Jedinečnou zachovalost historického centra města Český Krumlov přibližuje jeho unikátní keramický model.
Myšlenka na zhotovení modelu historického jádra Českého Krumlova, který by zachycoval ideální podobu města kolem roku 1800, se zrodila v polovině 70. let 20. století. Keramický model v měřítku 1:200 vznikal v letech 1977-1984.
Přípravné práce byly podloženy studiem archivních materiálů a pramenů, dobových plánů a vedut, historických grafických listů a fotografií i měřením přímo v terénu. Autoři modelu, ing. arch. Petr Pešek a keramička Jana Pešková, zvolili neobvyklý technologický postup a jednotlivé městské stavby i terénní členitosti zhotovili z kolorované pálené hlíny.
Model zachycuje plochu 56 hektarů městské památkové rezervace, na 800 stavebních objektů, zákruty řeky Vltavy i dnes již neexistující městské opevnění, hradby a brány. Nejstarší částí celého modelu byla Budějovická brána s přilehlým budějovickým předměstím Latránu.
V celkové podobě byl model návštěvnické veřejnosti poprvé představen na počátku roku 1985 a dodnes patří mezi právem ceněné a obdivované muzejní exponáty.
Barokní jezuitská lékárna
Základem jezuitské lékárny je zařízení barokní oficíny, které je tvořeno bohatě vyřezávanými, malovanými a zlacenými rohovými regály ze smrkového a borového dřeva s policemi a 70 zásuvkami s barokními krajinami a latinskými nápisy (signaturami). Barokní lékárna má také výraznou malířskou a řezbářkou výzdobu, nad regály jsou dva oválné obrazy světců – sv. Jana Nepomuckého a sv. Pantaleona v bohatě řezbovaných a zlacených rámech, centrálně umístěná plastika Panny Marie a vývěsní štít, který je připisován známému jihočeskému malíři Františku Jakubu Prokyšovi. Základní vybavení lékárny tvoří na dvě stě drobnějších exponátů – hmoždířů, kotlíků, naběraček, dřevěných krabic či skleněných, dřevěných, kameninových a porcelánových dóz, láhví a stojatek, které pochází ze 17. – 19. století. Některé z nádob dokonce ještě uchovávají původní obsah. Pozoruhodným předmětem je železná „oplatnice“, která sloužila k výrobě kulatých oplatek. Celý soubor barokní lékárny byl nákladně restaurován v 70. letech 20. století a dodnes tvoří integrální součást stálé expozice muzea.
Historický obraz Českokrumlovska od pravěku do konce 19. století
Stálá muzejní expozice přibližuje bohatý dějinný vývoj regionu a města