Již v roce 1911 bylo několika místním nadšencům jasné, že staré památky, ty „cenné a staré věci“, mohou nenávratně zmizet. A tak tito páni profesoři místní státní odborné školy keramické - Eduard Hauptmann (první správce), František Kopecký a Václav Mařan založili Muzejní spolek. Následovaly pátrací akce po okolních vsích a také menší prezentace nabytého muzejního materiálu, získaného darem, či drobnější koupí a za pomoci příspěvku nadšených jednotlivců i místních peněžních ústavů. Muzeum se několikrát stěhovalo, tehdejší starosta Karel Plaňanský mu na nějaký čas zapůjčil dvě místnosti radniční a vůbec poskytl materiální i duchovní podporu.
Stěhování v roce 1938 se zdálo nevyhnutelné. Sbírky totiž značně nabyly a odkazem JUDr. Adolfa Zahradníka město Bechyně v té době získalo dům právě tak vhodný pro důstojné umístění sbírek. (V této budově sídlí Městské muzeum dodnes). To už byl správcem v pramenech s láskou oslovovaný „musejní táta“ profesor Václav Mařan, kterému patří za jeho práci pro město Bechyně velká poklona. Po roce 1945 vedl pak muzeum profesor Antonín Smíšek.
Koncem 50. let minulého století správu převzal odborný pracovník, taktéž profesor keramické školy ing. R. Pospíšil. V roce 1966 byla do funkce ředitelky muzea jmenována Marie Pospíšilová. V následující době muzeum zdá se fungovalo tak jak má. Řekněme opravdu žilo. A to až do roku 1992. Tehdy bylo uzavřeno pro odchod tehdejšího správce pana Ivana Uhlíře. O necelých deset let později Sbor dobrovolných hasičů zrekonstruoval část budovy a přestěhoval sem své sbírky z bývalé synagogy.
Městský úřad pokračoval v rekonstrukci zvývajících částí budovy. A tak mohla pokračovat i historie muzea. Mateřským „ústavem“ muzea se stalo Kulturní středisko města Bechyně. Slavnostní zahájení prvních menších výstav proběhlo v roce 2007 (Jana Janáčková). Během let vznikaly postupně depozitáře, uvolňovaly se prostory (Hasičské muzeum opustilo budovu). S ohledem na finanční možnosti byla nejprve otevřena první část stálé expozice selská jizba. V roce 2010 pak část věnovaná archeologii a 19. století. V roce 2014 zbývající část stálé expozice, vše pod vedením Jany Šichové a Zuzany Šimonové. Tato práce byla oceněna cenou Gloria musaealis.