Über die jüdische Besiedlung der Stadt wird in schriftlichen Quellen seit Mitte des 17. Jahrhunderts berichtet. Im Jahr 1653 lebten drei jüdische Familien in der Stadt, 1783 mindestens neun jüdische Familien und 1837 zwölf Familien. Nach Mitte des 19. Jahrhunderts zogen mehr Juden in die Stadt, so dass die jüdische Religionsgemeinde in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts am stärksten war: 1869 lebten in der Stadt 95 Juden, 1880 insgesamt 87 Juden (3,3% aller Einwohner), 1910 48 Juden und 1930 nur noch zwölf Juden (0,3% der Stadtbevölkerung).
Die jüdischen Häuser mit einem Betraum waren spätestens seit dem 18. Jahrhundert in der Blanická-Straße östlich des Stadtplatzes konzentriert und standen an deren Ende vor der Brücke über den Fluss Blanice. Keines dieser Häuser hat sich erhalten. Der letzte Betraum wurde im ersten Stock des jüdischen Gemeindehauses auf der Südseite der Blanická-Straße eingerichtet, das 1889 von der jüdischen Gemeinde erworben wurde. Die letzten Gottesdienste fanden hier wahrscheinlich 1923 statt. Im Jahr 1968 wurde das Haus abgerissen und an seiner Stelle wurde später das Hotel Blanice gebaut.
Der jüdische Friedhof befindet sich 1,3 km nordöstlich des Stadtplatzes am Abhang der Anhöhe Holý vrch an der Straße, die zur Siedlung Bečelov führt. Gegründet wurde er im Jahr 1878. Insgesamt wurden auf dem Friedhof von Protivín von dessen Gründung bis zum Zweiten Weltkrieg rund 60 Menschen begraben. 1939 wurde der Friedhof verwüstet, die Hälfte der Grabsteine wurde anschließend weggebracht, von der Leichenhalle blieb nur das Fundament. Bis heute sind auf der Fläche des Friedhofs von 719 m2 seit der Gründung etwa 25 Grabsteine erhalten geblieben. Der Friedhof ist frei zugänglich.
Wissenswertes: Ende 1744 erließ Maria Theresia ein Dekret, das für die Juden die Abschiebung aus Böhmen bedeutete. Als erste wurden die Prager Juden betroffen, die das jüdische Viertel, die Judenstadt, bis Ende Juni des Jahres 1745 verlassen mussten. Unter ihnen war auch die Familie von David Kuh, dessen Frau Taubele in Protivín starb. Da es zu dieser Zeit in Protivín noch keinen jüdischen Friedhof gab, wurde sie auf dem jüdischen Friedhof in Dub bei Prachatice bestattet.