Die älteste erhaltene schriftliche Erwähnung der Juden in der Stadt stammt erst aus dem Ende des 17. Jahrhunderts. 1724 und auch 1783 lebten in Rožmberk 14 jüdische Familien, 1849 - 23 Familien (130 Personen, wahrscheinlich die meiste Zahl in der Geschichte der Stadt), 1880 dann 53 Juden (3,6% aller Einwohner), 1900 insgesamt 47 Juden (4,0%) und 1930 nur noch 12 Juden (1,2%).
Jüdische Häuser sind seit einer unbekannten Zeit an der Moldau am östlichen Fuß des Burgberges konzentriert. Von den ursprünglich vier jüdischen Häusern sind bis heute nur noch zwei mehrstöckige Häuser an der Konskr.-Nr. 102 und 104 erhalten. Die letzte Synagoge, die wahrscheinlich Ende des 17. Jahrhunderts erbaut wurde, diente zu gottesdienstlichen Zwecken bis zum Jahr 1938. Während des Zweiten Weltkrieges wurde sie zu Wohnzwecken umgebaut, dann stand sie verlassen und nach 1966 wurde sie abgerissen. Informationen über die Errichtung des alten jüdischen Friedhofs unterscheiden sich. Einige Forscher behaupten, dass er im 17. Jahrhundert gegründet wurde, andere, dass die Errichtung bereits ins 15. Jahrhundert zurückreicht. Dieser jüdische Friedhof befindet sich am südlichen Rand der Stadt der linksufrigen befestigten Stadt und grenzt an die Innenseite der Stadtmauer an. Bereits unter der nationalsozialistischen Besatzung hat man angefangen, die historischen Grabsteine zu zerstören. Nach 1945 ist etwa die Hälfte von ihnen gestohlen worden. Die verbleibenden 45 Grabsteine sind heute ungünstig im Garten verteilt, der von einer Mauer mit einem Tor umzäunt ist und zum Haus an der Konskr.-Nr. 103 gehört. Die ältesten Grabsteine stammen aus der Mitte des 18. Jahrhunderts.
Der Friedhof ist abgeschlossen. Der neue jüdische Friedhof der jüdischen Gemeinde in Rožmberk wurde 1883 an einer Straße, die am linken Ufer der Moldau von Rožmberk nad Vltavou nach Český Krumlov führt, gegründet. Die letzten Bestattungen fanden hier 1950 statt, als ein Mitglied der Familie Holzbauer begraben wurde. Nach 1945 wurde die Fläche des Friedhofs verkleinert und die Zeremoniehalle abgerissen. Insgesamt sind auf dem Friedhof auf 2290 m2 Fläche 100 Grabsteine erhalten geblieben, der älteste aus dem Jahr 1883. Der Friedhof ist frei zugänglich.
Wissenswertes: Bis Mitte des 19. Jahrhunderts wurden sehr lebhafte Kontakte zwischen den Juden aus Rožmberk und den Juden aus Linz gepflegt. Juden aus dem oberösterreichischen Linz wurden angeblich auf einem alten jüdischen Friedhof in Rožmberk begraben.