Über die jüdische Besiedlung in Vodňany wird in schriftlichen Quellen seit Ende des 14. Jahrhunderts berichtet. Während des 16. und 17. Jahrhunderts wurden die Juden in der Stadt vertrieben oder deren Zahl reduziert. Mitte des 18. Jahrhunderts sind in der Stadt acht jüdische Familien belegt, 1831 insgesamt 93 Juden (3,4% aller Einwohner), 1857 dann 237 Juden (5,5%), 1880 sogar 256 Juden (6,4%), 1900 insgesamt 149 Juden (3,7%) und 1930 nur noch 114 Juden (2,6%).
Seit dem Ende des 17. Jahrhunderts waren die jüdischen Häuser in der ehemaligen Židovská-Straße (heute Majerova-Straße) zwischen dem Stadtplatz und der östlichen Stadtmauer konzentriert. Es handelte sich jedoch um kein geschlossenes Ghetto, der größte Teil der Straßenbevölkerung waren Christen.
Die Synagoge wurde zwischen 1837 und 1852 in der Majerova-Straße in unmittelbarer Nähe der alten Synagoge aus dem Jahr 1744, die nach der Mitte des 19. Jahrhunderts abgerissen oder mit dem Gebäude an der Konskr.-Nr. 152 baulich verschmolz, erbaut. Das schlichte, spätklassizistische Gebäude mit einem gewalzten Gewölbesaal wurde 1877 erweitert. Zu gottesdienstlichen Zwecken diente sie bis zum Zweiten Weltkrieg. Im Jahr 1956 wurde sie für die Bedürfnisse des Stadtmuseums umgebaut, das sich in der Synagoge bis heute befindet. Der Hauptbetsaal wurde zu dieser Zeit durch die Decke in zwei Etagen aufgeteilt. Hinter der Synagoge befindet sich das Gebäude der ehemaligen Schule an der Konskr.-Nr. 153.
Der Friedhof liegt 700 Meter südwestlich der Siedlung Pražák auf einem Hügel am Waldrand entlang des rot markierten Touristenpfads. Er wurde 1840 auf einem im November 1839 von der Stadt erworbenen Grundstück gegründet. Der Eingang zum Friedhof führt durch ein gemauertes segmentiertes Tor, das von einem Eisengitter abgeschlossen ist. Von der Leichenhalle oder der Wagenremise blieb nur das Mauerwerk der Umfassung übrig. Bis heute sind auf dem 1608 m2 großen Friedhof 245 Grabsteine von seiner Gründung bis in die 1930er Jahre erhalten geblieben. Der Friedhof ist frei zugänglich.
Wissenswertes: Bemerkenswert ist der Grabstein, das mit dem Motiv eines gebrochenen Baumes verziert ist, das von dem biblischen Text „wie ein Baum entwurzelte er meine Hoffnung“ ausgeht. Dieses in Mitteleuropa beliebte Motiv symbolisiert das vorzeitig beendete Leben eines Kindes oder eines jungen Menschen.