Zu den bedeutendsten kirchlichen Bauwerken in Třeboň gehört die Kirche St. Aegidius und St. Maria Königin beim Kloster der Augustiner. Es handelt sich um eine stilreine, zweischiffige Kirche aus den Jahren 1367-1384. Von hier stammen die Altarbilder des Wittingauer Meisters und die Statue der Wittingauer Madonna, hervorragende Werke der böhmischen, hochgotischen Kunst. Der älteste Teil des Klosters sind der Kreuzgang mit gotischen und barocken Wandmalereien und die gotische Kapelle St. Vinzenz.