Mezi nejvýznamější církevní stavby v Třeboni lze označit kostel sv. Jiljí a Panny Marie Královny při klášteře augustiniánů. Jedná se o výtvarně čistý dvoulodní chrám z let 1367-1384. Pocházejí odtud oltářní obrazy od Mistra třeboňského a socha Třeboňské Madony, vynikající díla českého vrcholně gotického umění. Nejstarší částí kláštera je křížová chodba s gotickými a barokními nástěnnými malbami a gotická kaple sv. Vincence.
Děkanský kostel je zmiňován jako farní již roku 1280. Po založení kláštera augustiniánů v roce 1367 byl kostel přestavěn v gotickém slohu. V té době zde zanechal své jedinečné dílo patrně nejvýznamnější malíř gotické deskové malby v Čechách, Mistr Třeboňského oltáře. Dochované desky třeboňského oltáře jsou v současné době součástí sbírek Národní galerie v Praze. V gotickém kostele s dvoulodní dispozicí se zachovala světoznámá Třeboňská madona z doby kolem roku 1400. Křížová chodba, která přiléhá k severní straně kostela, se uchovala s téměř neporušenými freskami a rajským dvorem se studnou.