Židovské osídlení ve Čkyni je v písemných pramenech doloženo od poloviny 17. století. Největší počet Židů v městečku byl zaznamenán na počátku 19. století:roku 1825 zde bydlelo 151 Židů. Později jejich počet klesal: roku 1880 žilo ve Čkyni 80 Židů, roku 1900 pak 49 Židů a roku 1930 již jen jedenáct Židů. Z důvodu snižujícího se počtu Židů v městečku bylo v letech 1899–1900 přesunuto sídlo židovské náboženské obce ze Čkyně do Vimperka.
Ghetto ve Čkyni nikdy nebylo, židovské domy byly rozptýleny po celém městečku mezi domy křesťanskými. Před polovinou 19. století stálo osm židovských domů z celkových dvaceti tří kolem synagogy. Část z nich je v přestavbách zachována.
Synagoga
Čp. 105 nacházející se při mlýnském náhonu v jižní části městečka byla postavena roku 1828 v prostém klasicistním slohu jako náhrada za starší synagogu,jež byla zbořena v 60.–70. letech 20. století. V přízemí nové synagogy byla kromě modlitebního sálu také školní třída, pekárna macesů a byt. Pravidelné bohoslužby se v synagoze konaly do roku 1895, příležitostné do první světové války. Roku 1922 byla synagoga prodána a adaptována na truhlářskou dílnu a byt. Roku 1992 ji do vlastnictví převzala obec Čkyně, díky níž byla synagoga v nedávné době zrekonstruována. Nyní je využívána ke kulturním účelům a jako regionální židovské muzeum. Ve dvoře přiléhajícím k synagoze stojí někdejší vozovna určená k úschově pohřebního vozu.
Židovský hřbitov
Nachází se 700 metrů jihovýchodně od centra městečka, ve svahu nad železniční tratí ze Strakonic do Vimperka. Založen byl snad v poslední čtvrtině 17. století, rozšířen v 19. století. Na ploše 1853 m2 je dodnes dochováno téměř 400 náhrobků od doby založení hřbitova (nejstarší čitelné náhrobky jsou z let 1688 a 1700) do počátku 40. let 20. století. Poslední pohřeb se konal roku 1942, před deportací zdejších Židů do Terezína. Kromě Židů ze Čkyně je tu pohřbeno i mnoho Židů z Vimperka i okolních obcí. V opravené márnici z 19. století se nachází pamětní deska připomínající oběti holokaustu. Jedná se o velmi cenný hřbitov s barokními i klasicistními náhrobky jihočeského typu, které jsou často zdobeny rostlinnými motivy, hvězdicemi i tradičními židovskými symboly. Hřbitov je volně přístupný.
Zajímavost: V synagoze v modlitebním sále je unikátně dochovaná nástěnná výmalba kolem svatostánku z 19. století a v patře se zachovala zimní modlitebna včetně zrestaurovaného svatostánku na svitky Tóry.