Über die jüdische Besiedlung in Čkyně wird in schriftlichen Quellen seit Mitte des 17. Jahrhunderts berichtet. Die größte Anzahl von Juden in der Stadt ist zu Beginn des 19. Jahrhunderts belegt: 1825 lebten hier 151 Juden. Später nahm ihre Zahl ab: 1880 lebten in Čkyně 80 Juden und 1930 nur noch elf Juden. Aufgrund der abnehmenden Zahl der Juden wurde zwi-schen den Jahren 1899 bis 1900 der Sitz der jüdischen Religionsgemeinde von Čkyně nach Vimperk verlegt. Ein Ghetto gab es in Čkyně nie, die jüdischen Häuser waren in der ganzen Stadt zwischen den christlichen Häusern verstreut. Vor der Mitte des 19. Jahrhunderts standen acht Häuser von insgesamt dreiundzwanzig jüdischen Häusern in der Nähe der Synagoge. Einige davon sind umgebaut erhalten geblieben.
Die Synagoge an der Konskr.-Nr. 105, die sich am Mühlgraben im südlichen Teil der Stadt befindet, wurde 1828 in einem einfachen klas-sizistischen Stil als Ersatz der älteren Synagoge erbaut, die in den 60er bis 70er Jahren des 20. Jahrhunderts abgerissen wurde. Im Erdgeschoss der neuen Synagoge befanden sich neben dem Betsaal auch ein Klassen-zimmer, eine Matzen-Bäckerei und eine Wohnung. In der Synagoge fanden regelmäßig Gottesdienste bis 1895, gelegentlich bis zum Ersten Weltkrieg statt. Im Jahr 1922 wurde die Synagoge verkauft und zu einer Schreinerei und Wohnung umgewandelt. 2014 wurde die Synagoge renoviert und für kulturelle Zwecke und als regionales jüdisches Museum genutzt. In dem der Synagoge anliegenden Hof steht eine ehemalige Wagenremise für das Aufbewahren des Leichenwagens.
Der jüdische Friedhof befindet sich 700 Meter südöstlich des Stadt-zentrums an einem Hang oberhalb der Eisenbahnlinie von Strakonice nach Vimperk. Er wurde vermutlich im letzten Viertel des 17. Jahrhunderts gegründet und im 19. Jahrhundert erweitert. Auf einer Fläche von 1853 m2sind seit der Gründung des Friedhofs (die ältesten lesbaren Grabsteine stammen aus dem Jahr 1688 und 1700) bis zu den frühen 1940er Jahren bis zu 400 Grabsteinen erhalten geblieben. In der wiederhergestellten Leichenhalle aus dem 19. Jahrhundert befindet sich eine Gedenktafel zum Gedenken an die Opfer des Holocaust. Der Friedhof ist frei zugänglich.
Wissenswertes: Im Betsaal der Synagoge befindet sich ein einzigartig erhaltenes Wandgemälde um das Tabernakel aus dem 19. Jahrhundert und im Geschoss ein Winterbetraum, einschließlich eines restaurierten Tabernakels für die Torarellen.