Nejstarší písemné zmínky o Židech v Markvarci pocházejí z první poloviny 18. století. Pravděpodobně v druhé polovině 18. století založena židovská obec, která byla pro malý počet členů roku 1888 zrušena.
Židovské domy byly soustředěny od 18. století kolem synagogy a tvořily ghetto v jihovýchodní části obce při potoku. Většina z původních dvanácti domů dosud v přestavbách stojí.
Synagoga byla postavena v barokním stylu v letech 1784–1786 a bohoslužebným účelům sloužila do konce 19. století. Po válce se zřítila, zbytky zdí byly odstraněny roku 1992.
Židovský hřbitov byl založen roku 1794 a nachází se jeden kilometr jihovýchodně od obce v lese. Nejstarší dochovaný čitelný náhrobek pochází z roku 1802 a patří Mošemu. Přestože se poslední židovská rodina odstěhovala roku 1927, na hřbitově byli pohřbíváni Židé z okolí, zejména z Dačic, až do roku 1939. Na ploše 1 223 metrů čtverečních je dochováno kolem 240 náhrobků. Vstup na hřbitov je možný márnicí z roku 1908, která byla v nedávných letech opravena.