Die ältesten schriftlichen Erwähnungen der Juden in Markvarec stammen aus der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde eine jüdische Gemeinde gegründet, die wegen einer geringen Anzahl von Mitgliedern im Jahr 1888 aufgelöst wurde.
Die jüdischen Häuser wurden seit dem 18. Jahrhundert um die Synagoge konzentriert und bildeten ein Ghetto im südöstlichen Teil des Dorfes am Fluss. Die meisten der ursprünglich zwölf Häuser sind bis heute umgebaut erhalten.
Die Synagoge wurde im Stil des Barock in den Jahren 1784–1786 gebaut und zu gottesdienstlichen Zwecken diente sie bis zum Ende des 19. Jahrhunderts. Nach dem Krieg ist sie eingestürzt. Die Überreste der Wände wurden 1992 entfernt.
Der jüdische Friedhof wurde im Jahr 1794 gegründet und befindet sich 1 km südöstlich des Dorfes im Wald. Der älteste erhaltene Grabstein stammt aus dem Jahr 1802 und gehört Moshe. Obwohl die letzte jüdische Familie 1927 ausgezogen ist, wurden auf dem Friedhof Juden aus der Umgebung – vor allem aus Dačice – bis 1939 begraben. Auf einer Fläche von 1223 m2 sind etwa 240 Grabsteine erhalten. Der Eintritt zum Friedhof führt über eine Leichenhalle aus dem Jahr 1908, die in den letzten Jahren renoviert wurde.