Nepočetné židovské osídlení je v městečku doloženo od první poloviny 18. století. Roku 1747 tu bydlely dvě židovské rodiny, roku 1783 šest židovských rodin, roku 1793 tu žilo 43 Židů. Roku 1880 v městečku bydlelo 89 Židů (5,6 % všech obyvatel), roku 1900 pak 37 Židů (2,4 % všech obyvatel) a roku 1930 už jen osm Židů (0,8 % všech obyvatel).
Uzavřené ghetto ve Stráži nikdy nebylo, židovské domy byly rozptýlené po celém městě a tvořily několik vzájemně oddělených shluků v západní polovině a na severním okraji města.
Klasicistní synagoga čp. 24 byla postavena zřejmě v první čtvrtině 19. století v Třeboňské ulici západně od náměstí. K bohoslužebným účelům byla využívána do první světové války. Roku 1920 byla prodána provazníkovi Adolfu Novotnému a jeho ženě Marii. Po prodeji přijelo několik Židů z Jindřichova Hradce, kteří zbourali svatostánek uvnitř synagogy, naložili jej na vůz a odvezli do Jindřichova Hradce, čímž strážská synagoga zanikla. Od roku 1920 byla využívaná jako skladiště a garáž, po roce 1986 jako prodejna. Dochován je čtvercový sál s dřevěnou nepravou klenbou zdobenou štukem, průhledy do západní ženské galerie v patře jsou zazděné. Udržovaný lesní hřbitov se nachází 1,5 km západně od zámku, severně od silnice vedoucí do Mláky. Založen byl údajně v 18. století, v písemných pramenech je poprvé doložen roku 1810. Do konce 19. století tu byli pohřbíváni také Židé z Třeboně, Nových Hradů, Českých Velenic, Suchdola nad Lužnicí, Chlumu nad Lužnicí nebo rakouského Schremsu.
V současné době je na ploše hřbitova o velikosti 816 metrů čtverečních dochováno kolem 150 náhrobků od roku 1847 do 30. let 20. století. Hřbitovní domek je využíván k rekreačním účelům.