Nepočetné židovské osídlení je v Třeboni doloženo od poslední čtvrtiny 18. století, další rodiny z okolního venkova se směly ve městě usazovat až od poloviny 19. století. V Třeboni a na třeboňském panství nebyla až do druhé poloviny 19. století žádná židovská obec. Roku 1880 ve městě bydlelo 181 Židů (3,1 % všech obyvatel), roku 1900 pak 77 Židů (1,4 % všech obyvatel), roku 1910 celkem 63 Židů Židů a roku 1930 již jen 43 Židů (0,8 % všech obyvatel).
Synagoga byla zřízena adaptací patra starého měšťanského domu čp. 50/I ve slepé Krčínově ulici jižně od náměstí v druhé polovině 19. století (snad kolem roku 1880). K bohoslužebným účelům byla synagoga využívána do druhé světové války. Poté sloužila budova jako sklad a dnes je z ní obytný dům. V podkroví se dochoval původní strop modlitebního sálu se štukovou výzdobou a ornamentální malbou. V sousedním barokním patrovém domě čp. 49/I sídlil rabinát a škola židovské obce. V současné době je tento dům využíván k obytným účelům. Hřbitov – do konce 19. století byli Židé z Třeboně pohřbíváni na hřbitově ve Stráži nad Nežárkou. V Třeboni byl hřbitov založen mezi lety 1897–1900. Dne 20. června 1900 proběhla jeho kolaudace a 18. července 1900 bylo vydáno povolení k pohřbívání.
Hřbitov se nachází v lese dva kilometry východně od města, zaujímá rozlohu 2 190 metrů čtverečních a je na něm dochováno několik desítek náhrobků od doby založení hřbitova do konce 30. let 20. století. Současně se založením hřbitova byl postaven hrobnický domek, dnes využívaný k rekreačnímu bydlení.
Zajímavost: Mezi posledními tu byli pohřbeni členové rodiny Metzlových, jejichž potomci žijí v Čechách i v Americe. Třem členům židovské rodiny Metzlových, Felixovi, Viktorovi a Karlovi, kteří zahynuli během druhé světové války, je věnována památka v podobě tzv. kamenů zmizelých (Stolpersteine). Kameny byly položeny v roce 2010 před dům čp. 96 na třeboňském Masarykově náměstí, kde rodina žila.