Die wenig zahlreiche jüdische Besiedlung der Stadt Třeboň ist seit dem letzten Viertel des 18. Jahrhunderts belegt. Weitere Familien aus den umgebenden Dörfern durften sich erst seit Mitte des 19. Jahrhunderts in der Stadt niederlassen. Bis zur zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts gab es in Třeboň keine jüdische Gemeinde. Im Jahr 1880 lebten in der Stadt 181 Juden (3,1% aller Einwohner), 1900 dann 77 Juden (1,4% aller Einwohner), 1910 insgesamt 63 Juden und im Jahr 1930 nur noch 43 Juden (0,8% aller Einwohner).
Die Synagoge wurde durch eine Umgestaltung eines Stockwerks des alten Bürgerhauses an der Konskr.-Nr. 50/I in der Sackgasse KrčínovaStraße südlich des Stadtplatzes in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts (vermutlich um 1880) errichtet. Zu gottesdienstlichen Zwecken diente die Synagoge bis zum Zweiten Weltkrieg. Danach diente das Gebäude als Lagerhaus und heute ist sie ein Wohnhaus. Auf dem Dachboden hat sich die ursprüngliche Decke des Betsaals mit Stuckverzierung und Ornamentmalerei erhalten. Im benachbarten mehrstöckigen Haus im Stil des Barock an der Konskr.-Nr. 49/I hatte seinen Sitz das Rabbinat und die Schule der jüdischen Gemeinde. Derzeit wird dieses Haus zu Wohnzwecken genutzt. Friedhof. Bis Ende des 19. Jahrhunderts wurden die Juden aus Třeboň auf dem Friedhof in Stráž nad Nežárkou bestattet.
Der Friedhof in Třeboň wurde zwischen den Jahren 1897 und 1900 gegründet. Am 20. Juni 1900 erfolgte seine Bauabnahme und am 18. Juli 1900 wurde die Bestattungsgenehmigung erteilt. Der Friedhof befindet sich in einem Wald zwei Kilometer östlich der Stadt, hat eine Fläche von 2190 m2, auf der sich seit dessen Gründung bis in die späten 1930er Jahre mehrere Dutzend Grabsteine erhalten haben. Gleichzeitig mit der Gründung des Friedhofs wurde das Haus des Totengräbers gebaut, das heute als Ferienhaus dient.
Wissenswertes: Zu den hier zuletzt bestatteten Personen gehörten die Mitglieder der Familie Metzl, deren Nachkommen in Böhmen und Amerika leben. An drei Mitglieder der jüdischen Familie Metzl, Felix, Viktor und Karl, die während des Zweiten Weltkrieges starben, erinnern Gedenktafeln in Form von sog. Stolpersteinen. Die Steine wurden 2010 vor dem Haus an der Konskr.-Nr. 96 auf dem Stadtplatz Masarykovo náměstí in Třeboň, an dem die Familie lebte, verlegt.