Kościół założono już w XIV w., dzisiejszy kształt uzyskał przy przebudowie na początku XVI w., kiedy zamienił się w trójnawowy kościół halowy, zyskał nowe sklepienie i więźbę, dobudowano wyłącznie południową 53 m wieżę. W wielu miejscach wewnątrz kościoła zachował się znak róży pięciolistnej, który należał do ówczesnych właścicieli Prachatic – Rožmberków. Ostateczny kształt zyskał pod koniec XIX w., kiedy po pożarze w 1832 r. przebudowano wieżę w stylu minaretu. Dekoracje wewnątrz kościoła składają się z monumentalnych dzieł kamiennictwa i drewnianych gotyckich reliefów, które ozdabiają wczesnobarokowy ołtarz główny. Jego środek wyznaczają barokowe rzeźby Marii Panny, św. Dominika i św. Katarzyny ze Sieny autorstwa F. Ramblera z początku XVIII w.
Ciekawostka:
Od czerwca do września udostępniana jest do zwiedzania wieża widokowa kościoła. Żeby dostać się na szczyt należy pokonać 157 schodów. Nagrodą będzie przepiękny widok z wysokości 40 m nad ziemią na zabytkowy rezerwat Prachatice.