Kostel byl založen již ve 14. století, dnešní podobu získal při přestavbě na začátku 16. století, kdy byl rozšířen na síňové trojlodí, získal novou klenbu a krov a dostavěna byla pouze jižní věž vysoká 53 m. Na řadě míst interiéru se dochoval znak pětilisté růže, který patřil tehdejším majitelům Prachatic – Rožmberkům. Konečnou podobu získal kostel v 19. století, kdy byla věž po požáru v roce 1832 přestavěna do podoby minaretu. Vnitřní výzdoba chrámu se skládá z honosných kamenických děl a dřevěných gotických reliéfů, které zdobí raně barokní hlavní oltář. Jeho střed tvoří barokní sochy Panny Marie, sv. Dominika a sv. Kateřiny Sienské od F. Ramblera z počátku 18. století.
Zajímavost
Pro návštěvníky je zpřístupněna vyhlídková věž kostela, a to každoročně od června do září. Na vrchol věže je třeba absolvovat výstup po 157 schodech, který pak ale návštěvníky odmění krásným výhledem z výšky 40 m v centru památkové rezervace Prachatice.