Die Landschaft der Region Třeboňsko ist seit Jahrhunderten von menschlichen Aktivitäten geprägt, was zur Entstehung eines äußerst wertvollen Mosaiks aus Teichen, Wäldern, Wasserfällen, Torfmooren und menschlichen Siedlungen geführt hat. Bereits 1977 wurde Třeboň von der UNESCO zum Biosphärenreservat erklärt. Die wertvollsten Teile der Landschaft sind in 32 Naturschutzgebieten und Denkmälern geschützt. Třeboňsko gehört laut NATURY 2000 auch zu den Vogelgebieten und vor allem zum Zentrum der tschechischen Fischzucht mit bis zu 460 Teichen.