Region Třeboňsko był przez stulecia kultywowany przez człowieka, dlatego powstała tu niezwykle cenna mozaika stawów rybnych, lasów, podmokłych łąk, torfowisk czy ludzkich siedzib. Już w 1977 r. Třeboňsko ogłoszono Rezerwatem Biosfery UNESCO. Najcenniejsze obszary są objęte ochroną jako 32 rezerwaty i pomniki przyrody. Według NATURY 2000 Třeboňsko jest także obszarem ochrony ptaków oraz przede wszystkim centrum czeskiej hodowli ryb, które liczy 460 stawów rybnych.