Krajina Třeboňska byla po staletí utvářena činností člověka, proto zde vznikla mimořádně cenná mozaika rybníků, lesů, podmáčených luk, rašelinišť a lidských sídel. Již r. 1977 bylo Třeboňsko vyhlášeno biosférickou rezervací UNESCO. Nejcennější části zdejší přírody jsou chráněny ve 32 přírodních rezervacích a památkách. Třeboňsko je také podle NATURY 2000 jednou z ptačích oblastí a především centrem českého rybníkářství, které čítá až 460 rybníků.